Od początku powstania Fundacji przyjęto założenie, że działalność gospodarcza może być prowadzona na własny rachunek lub w formie udziału w spółkach prawa handlowego w oparciu o zakładowe zasady rachunkowości, zgodnie z aktualnie obowiązującym prawem. Dochód netto wypracowany z działalności gospodarczej konsekwentnie przeznaczany jest na:
- bieżące pokrywanie kosztów działalności statutowej,
- tworzenie funduszu statutowego, z którego finansowane są cele statutowe Narodowej Fundacji Ochrony Środowiska.
Przyjęcie konsekwentnie przestrzeganej zasady, iż oprócz realizacji statutowych działań związanych z ochroną środowiska Fundacja może także rozwijać działalność gospodarczą, ale także tylko związaną z ochroną środowiska przyniosło skutek w postaci wyspecjalizowania się w świadczeniu usług, w tym głównie polegających na wykonywaniu różnego rodzaju opracowań na zamówienia miedzy innymi administracji rządowej i samorządowej.
W sferze szeroko rozumianej ochrony przyrody działania Fundacji koncentrowały się i nadal się koncentrują głównie na opracowywaniu strategii oraz programów ochrony i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej, opracowywaniu planów ochrony parków narodowych, parków krajobrazowych, rezerwatów przyrody, oraz planów zadań ochronnych obszarów Natura 2000, przeprowadzaniu inwentaryzacji siedlisk przyrodniczych i gatunków, monitorowaniu stanu wybranych elementów środowiska przyrodniczego, opracowywaniu raportów oddziaływania na środowisko, przygotowywaniu raportów dotyczących analizy i oceny stanu zachowania i ochrony różnorodności biologicznej, a także na opracowywaniu ekspertyz i dokumentacji przyrodniczych.
W ramach propagowania nowoczesnych narzędzi informatycznych Fundacja zajmuje się między innymi projektowaniem i tworzeniem baz danych przestrzennych, wykonywaniem analiz przestrzennych z zastosowaniem technik i narzędzi GIS, gromadzeniem i analizą informacji o środowisku, opracowywaniem interaktywnych form wizualizacji i udostępniania danych przestrzennych, oraz rozwijaniem działalności edukacyjnej z zastosowaniem narzędzi informatycznych.
