W myśl zapisów Statutu przyjętego 20 grudnia 1988 roku przez wszystkich sygnatariuszy aktu założycielskiego organami Fundacji są: Zarząd oraz Rada Fundatorów.
Pierwszym Prezesem Zarządu Fundacji został Andrzej Walewski, który we wrześniu 1989 roku złożył rezygnację i objął stanowisko Głównego Inspektora Ochrony Środowiska. Zastąpił go dr Wojciech Nowicki, który pełnił obowiązki Prezesa do 7 września 2021 (pismo dr Nowickiego do Rady Fundatorów i jej wypowiedź Pro Memoria). Od tego dnia funkcję tę sprawuje Andrzej Weigle. W ciągu trzydziestu lat istnienia Fundacji w Zarządzie pracowało wielu wysokiej klasy specjalistów zajmujących się problematyką ekologiczną (Tomasz Podgajniak, Barbara Lewicka – Kłoszewska, Mieczysław Metler, Andrzej Mikołajczyk, Adam Lackowski, Krzysztof Wolfram i inni).
Aktualnie Zarząd NFOŚ działa w składzie:
Andrzej Weigle (Prezes Zarządu)
Maria Andrzejewska (Wiceprezes Zarządu)
Alicja Kiczyńska (Wiceprezes Zarządu)
Zarząd kieruje działalnością statutową i gospodarczą Fundacji i odpowiada za jej wyniki, a w szczególności planuje, organizuje i nadzoruje pod względem merytorycznym jej prace, wykazuje inicjatywę w sprawie rozwoju określonych kierunków działalności Fundacji, dba o utrzymywanie i pozyskiwanie kontaktów z zewnętrznymi współpracownikami i potencjalnymi partnerami. Ponadto w ramach bieżącej działalności reprezentuje Fundację na zewnątrz, podejmuje decyzje w sprawach organizacji wewnętrznej Fundacji, tworzy i likwiduje wewnętrzne jednostki organizacyjne, takie jak zakłady, biura, ośrodki, pracownie oraz zakłady gospodarcze, powołuje i odwołuje ich kierowników oraz określa regulaminy organizacyjne oraz cele i zasady działalności tych jednostek.
Szczegółowe zasady działania Zarządu określone zostały w Regulaminie Zarządu zatwierdzonego przez Radę Fundatorów.
