Idea utworzenia fundacji zajmującej się stanem środowiska przyrodniczego w Polsce rodziła się stopniowo wśród politycznego zamętu jaki opanował kraj z początkiem lat osiemdziesiątych minionego wieku.
Latem 1980 roku wybuchła Polsce bezprecedensowa fala strajków co zmusiło władze do rozpoczęcia rozmów z opozycją. W efekcie porozumień zawartych w Gdańsku, Szczecinie i Jastrzębiu powstał Niezależny Samorządny Związek Zawodowy „Solidarność”. Rozwijała się niezależna prasa, w odnowę angażowały się środowiska naukowe i kulturalne. Narastało zainteresowanie społeczeństwa działaniami na rzecz poprawy stanu środowiska. Uaktywniły się grupy społeczne działające w tym kierunku. Powstał Polski Klub Ekologiczny.
Trzynastego grudnia 1981 r. władze ogłosiły wprowadzenie stanu wojennego. Zawieszono działalność wszystkich organizacji z wyjątkiem partii komunistycznej, część zawieszonych organizacji następnie zlikwidowano. Mimo represji nie udało się jednak złamać narastającego oporu społeczeństwa. Powstawały konspiracyjne struktury związkowe, wydawano liczne biuletyny i czasopisma podziemne, w których publikowano miedzy innymi alarmujące teksty na temat złego stanu ekologicznego kraju. W sierpniu 1988 roku władze zaproponowały opozycji przerwanie nasilających się protestów i rozmowy przy okrągłym stole. Klimat polityczny jaki towarzyszył decyzji o podjęciu rozmów z opozycją oraz stopniowe wdrażanie wolnorynkowych zmian gospodarczych sprzyjały również działaniom zmierzającym do uaktywnienia się pozarządowych organizacji ekologicznych działających na rzecz poprawy stanu środowiska.
W efekcie inicjatywa utworzenia Narodowej Fundacji Ochrony Środowiska spotkała się z dużym zainteresowaniem zarówno środowisk naukowych, jak również działaczy społecznych. Nasiliły się również starania zmierzające do rejestracji fundacji. Po przełamaniu wielu trudnych problemów proceduralnych i organizacyjnych 20 grudnia 1988 roku podpisano w sali kolumnowej Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej akt założycielski Narodowej Fundacji Ochrony Środowiska. Swoje podpisy złożyło 48 osób fizycznych oraz 26 przedstawicieli jednostek gospodarczych i organizacji społecznych, którzy w sumie zobowiązali się przekazać na rzecz tworzonej instytucji 141 630 000 zł (kwota sprzed denominacji złotego), co stanowiło w 1989 roku mniej więcej równowartość zakupu kilku samochodów osobowych marki Polonez.
Osobowość prawną Fundacja uzyskała 6 marca 1989 roku. Przystąpiła wtedy do realizacji zadań statutowych nawiązujących w swoim wymiarze praktycznym do postulatów ekologicznych zgłaszanych w trakcie obrad „okrągłego stołu”.
Od 5 listopada 2001 r. Narodowa Fundacja Ochrony Środowiska zarejestrowana jest w Rejestrze Stowarzyszeń i Rejestrze Przedsiębiorców Krajowego Rejestru Sądowego pod nr 0000057779.
Zgodnie z obowiązującymi przepisami Fundacja corocznie składa sprawozdania ze swojej działalności. Sprawozdania te są udostępnione do publicznej wiadomości poprzez możliwość wglądu do nich w siedzibie Zarządu NFOŚ.
