Problematyka ochrony różnorodności biologicznej i jej zrównoważonego użytkowania jest od kilku lat wiodącą sferą działalności Fundacji. Dysponując w tym zakresie dużym dorobkiem merytorycznym, doświadczoną kadrą oraz współpracując z wysokiej klasy ekspertami, NFOŚ wyspecjalizowała się w realizacji różnorodnych opracowań przyrodniczych, zarówno o zasięgu ogólnokrajowym, jak i ukierunkowanych na rozwiązywanie problemów lokalnych.
Fundacja przywiązuje duże znaczenie do wspierania rozwoju regionalnego. Służy temu szeroka współpraca z samorządami, zarówno szczebla wojewódzkiego, powiatowego, jak i gminnego. Na potrzeby jednostek samorządowych NFOŚ realizuje różnego rodzaju projekty i programy ukierunkowane głównie na wzmacnianie działań społeczności lokalnych w sferze ochrony środowiska, bądź też dotyczących praktycznego wdrażania w życie zasad gospodarowania opartych na idei zrównoważonego rozwoju.
Podnoszenie wiedzy i świadomości ekologicznej społeczeństwa jest w jednym z podstawowych celów statutowych Fundacji. Działania w tej sferze, rozwijane przy zastosowaniu różnorodnych form edukacyjnych i organizacyjnych ukierunkowane są w pierwszym rzędzie na wzbogacenie wiedzy z zakresu ochrony środowiska, młodzieży szkolnej, przedstawicieli organizacji społecznych, samorządów lokalnych oraz służb ochrony środowiska.
Ważną sferą działania NFOŚ jest udzielanie konsultacji w sprawach związanych z problematyką ochrony środowiska. Ci, którzy zwracają się do Fundacji o poradę mogą liczyć na pomoc ze strony doświadczonej etatowej kadry, bądź też skorzystać z pomocy stale współpracujących z Fundacją wysokiej klasy ekspertów reprezentujących różnorodne specjalności zawodowe. W przypadku spraw o charakterze interwencyjnym Fundacja wskazuje zainteresowanym niezbędną do przeprowadzenia drogę postępowania.
Fundacja zrealizowała ponad 900 projektów na terenie całego kraju
