Problematyka ochrony różnorodności biologicznej i jej zrównoważonego użytkowania jest od kilku lat wiodącą sferą działalności Fundacji. Dysponując w tym zakresie dużym dorobkiem merytorycznym, doświadczoną kadrą oraz współpracując z wysokiej klasy ekspertami, NFOŚ wyspecjalizowała się w realizacji różnorodnych opracowań przyrodniczych, zarówno o zasięgu ogólnokrajowym, jak i ukierunkowanych na rozwiązywanie problemów lokalnych. Potencjał wykonawczy Fundacji umożliwia między innymi realizację następujących projektów i programów:
- strategie ochrony różnorodności biologicznej i jej wybranych elementów,
- plany ochrony obszarów chronionych,
- waloryzacje obszarów przyrodniczo cennych,
- inwentaryzacje różnorodności biologicznej,
- programy ochrony gatunków zagrożonych wyginięciem,
- programy renaturyzacji zdegradowanych ekosystemów,
- dokumentacje nowotworzonych obszarów chronionych,
- programy zwiększania lesistości,
- raporty nt. stanu i zagrożeń różnorodności biologicznej,
- projekty poprawy bilansu wodnego na obszarach o dużych walorach przyrodniczych,
- programy monitoringu wybranych elementów różnorodności biologicznej,
- raporty z realizacji zobowiązań międzynarodowych Polski w zakresie ochrony przyrody,
- projekty przepisów prawa ochrony przyrody,
- projekty wzmacniania systemu zarządzania ochroną przyrody.
Niezależnie od podejmowania w/w działań Fundacja dużą wagę przywiązuje do popularyzowania w społeczeństwie problematyki przyrodniczej. Służą temu, zarówno rozwijana działalność wydawnicza, jak również podejmowane przez NFOŚ inicjatywy edukacyjne.
