Jednym z wiodących kierunków działalności Narodowej Fundacji Ochrony Środowiska jest opracowywanie planów ochrony i planów zadań ochronnych dla obszarów chronionych: parków narodowych, parków krajobrazowych, rezerwatów przyrody a także dla obszarów Natura 2000. Tematyką tą Fundacja zajęła się od chwili wprowadzenia tego rodzaju dokumentów w ustawie o ochronie przyrody w 1991 r. Do czasu nowelizacji ustawy w roku 2004 Fundacja opracowała m.in. projekty następujących dokumentów i aktów prawnych:
- Plan ochrony dla Kampinoskiego Parku Narodowego
- Plan ochrony dla Poleskiego Parku Narodowego
- Plan ochrony dla Wigierskiego Parku Narodowego
- Plan ochrony dla Parku Narodowego Gór Stołowych
- Plan ochrony dla Parku Narodowego „Bory Tucholskie”
- Plan ochrony dla Brudzeńskiego Parku Krajobrazowego
- Plan ochrony dla Gostynińsko-Włocławskiego Parku Krajobrazowego
- Plan ochrony dla Pszczewskiego Parku Krajobrazowego
- Plan ochrony dla Łagowskiego Parku Krajobrazowego
- Plan ochrony dla Gryżyńskiego Parku Krajobrazowego
- Plan ochrony dla Przemęckiego Parku Krajobrazowego
- Plan ochrony dla Krzesińskiego Parku Krajobrazowego
- Plan ochrony dla Parku Krajobrazowego „Łuk Mużakowa”
Fundacja była także autorem instrukcji sporządzania planów ochrony parków narodowych (1994 r.).
Prace nad planami kontynuowane są także w ostatnich latach (podano plany opracowane w ramach nowej ustawy o ochronie przyrody z 2004 r.). I tak staraniem NFOŚ opracowane zostały m.in. projekty następujących dokumentów i aktów prawnych:
- Plan ochrony dla Nadbużańskiego Parku Krajobrazowego (2005 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Maz. 2006 r. poz. 6757)
- Plan ochrony dla Chojnowskiego Parku Krajobrazowego (2005 r.)
- Plan ochrony dla Bolimowskiego Parku Krajobrazowego (2006 r.)
- Plan ochrony dla Brudzeńskiego Parku Krajobrazowego (2007 r.)
- Plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Nadnoteckie Łęgi PLB300003 (2008 r.)
- Plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego PLB300001 (2009 r.)
- Plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Wielki Łęg Obrzański PLB300001 (2009 r.)
- Plan ochrony dla Ślężańskiego Parku Krajobrazowego (2009 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Doln. z 2011 poz. 4508)
- Plan ochrony dla Parku Krajobrazowego Chełmy (2009 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Doln. z 2011 poz. 4509)
- Plan ochrony dla Chęcińsko-Kieleckiego Parku Krajobrazowego (2009 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Święt. z 2010 r. poz. 2543)
- Plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Pradolina Warszawsko-Berlińska PLB 100001 (2009 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Łódz. z 2016 poz. 1404)
- Plan ochrony dla Parku Krajobrazowego Góra Świętej Anny (2009 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Opol. z 2009 poz. 412)
- Plan ochrony dla Parku Krajobrazowego Gór Sowich (2010 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Doln. z 2011 poz. 4510)
- Plan ochrony dla Parku Krajobrazowego „Dolina Jezierzycy” (2010 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Doln. z 2011 poz. 4506)
- Plan ochrony dla Parku Krajobrazowego „Góry Opawskie” (2010 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Opol. z 2014 r. poz. 1519)
- Plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Puszcza Barlinecka PLB080001 (2012 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Lubus. z 2013 r. poz. 2063)
- Plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Sulechów PLH080043 (2012 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Lubus. z 2013 r. poz. 2225)
- Plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Bory bagienne i torfowiska Karaska PLH140046 (2012 r.) (uchwalony w ramach planu ochrony dla rezerwatu przyrody Torfowisko Karaska: Dz. Urz. Woj. Maz. z 2018 poz. 5431)
- Plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Poligon Rembertów PLH140034 (2012 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Maz. z 2019 poz. 15516)
- Plan ochrony dla Welskiego Parku Krajobrazowego (2012 r.)
- Plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Skwierzyna PLH080041 (2013 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Lubus. z 2013 r. poz. 2186)
- Plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Lasy Dobrosułowskie PLH080037 (2013 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Lubus. z 2013 r. poz. 2224)
- Plan ochrony dla Świętokrzyskiego Parku Narodowego (współudział) (2014 r.)
- Plan ochrony dla Wigierskiego Parku Narodowego (współudział) (2014 r.)
- Plan ochrony dla Poleskiego Parku Narodowego (współudział) (2014 r.) (uchwalony: Dz. U. z 2020 r. poz. 1966)
- Plan ochrony dla obszaru Natura 2000 Zatoka Pucka i Półwysep Helski PLH220032 (współudział) (2014 r.)
- Plan ochrony dla obszaru Natura 2000 Ostoja w Ujściu Wisły PLH220044 (współudział) (2014 r.)
- Plan ochrony dla obszaru Natura 2000 Zalew Wiślany i Mierzeja Wiślana PLH280007 (współudział) (2014 r.) (uchwalony: Dz.U. 2022 poz. 2691)
- Plan zadań dla ochronnych dla obszaru Natura 2000 Otyń PLH080040 (2015 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Lubus. z 2016 r. poz. 1679)
- Plan ochrony dla Kozubowskiego Parku Krajobrazowego (2019 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Święt. z 2021 r. poz. 2939)
- Plan ochrony dla Parku Krajobrazowego „Lasy nad Górną Liswartą” (2019 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Śląsk. z 2022 r. poz. 536)
- Plan ochrony dla Kozienickiego Parku Krajobrazowego (2019 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Maz. z 2019 r. poz. 15708)
- Plan ochrony dla Brudzeńskiego Parku Krajobrazowego (2019 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Maz. z 2019 r. poz. 15709)
- Plan ochrony dla Chojnowskiego Parku Krajobrazowego (2019 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Maz. z 2019 r. poz. 15707)
- Plan ochrony dla Nadmorskiego Parku Krajobrazowego (Broszura Planu ochrony dla Nadmorskiego Parku Krajobrazowego) (2021 r.)
- Plan ochrony dla Kaszubskiego Parku Krajobrazowego (Broszura Planu ochrony dla Kaszubskiego Parku Krajobrazowego) (2022 r.)
- Plan ochrony dla Parku Krajobrazowego „Mierzeja Wiślana” (Broszura Planu ochrony dla Parku Krajobrazowego „Mierzeja Wiślana”) (2022 r.)
- Plan ochrony dla Kazimierskiego Parku Krajobrazowego (2021 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Lubel. z 2022 poz. 77)
- Plan ochrony dla Nadwieprzańskiego Parku Krajobrazowego (2021 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Lubel. z 2022 poz. 78)
- Plan ochrony dla Szczebrzeszyńskiego Parku Krajobrazowego (2021 r.) (uchwalony: Dz. Urz. Woj. Lubel. z 2022 poz. 79)
- Plan ochrony dla Parku Narodowego „Ujście Warty” (2023 r.)