Fundacja przywiązuje duże znaczenie do wspierania rozwoju regionalnego. Służy temu szeroka współpraca z samorządami, zarówno szczebla wojewódzkiego, powiatowego, jak i gminnego.
Na potrzeby jednostek samorządowych NFOŚ realizuje różnego rodzaju projekty i programy ukierunkowane głównie na wzmacnianie działań społeczności lokalnych w sferze ochrony środowiska, bądź też dotyczących praktycznego wdrażania w życie zasad gospodarowania opartych na idei zrównoważonego rozwoju. Prezentują one najczęściej nowatorskie, ale jednocześnie i pragmatyczne, podejście do przedstawianej problematyki, wzbudzając tym samym znaczące zainteresowanie władz samorządowych. Do tego rodzaju prac między innymi należą:
- programy rozwoju zrównoważonego,
- opracowania fizjograficzne,
- inwentaryzacje przyrodnicze,
- programy ochrony środowiska,
- plany gospodarki odpadami,
- programy gospodarki wodno-ściekowej,
- programy zalesień,
- studia uwarunkowań zagospodarowania przestrzennego,
- plany przestrzennego zagospodarowania,
- dokumentacje obszarów i obiektów chronionych.
Ważną sferą działalności Fundacji jest również świadczenie na rzecz samorządów usług doradczych i eksperckich, tworzących podstawę merytoryczną efektywnego rozwiązywania zaistniałych problemów ekologicznych.
