W początkowym etapie funkcjonowania założyciele i pracownicy Fundacji koncentrowali się na stworzeniu optymalnej w stosunku do potrzeb struktury organizacyjnej oraz na wypracowaniu narzędzi, które zapewniłyby jej dalszy rozwój. W Kierunkowym Planie Rozwojowym Fundacji przyjętym do realizacji w 1990 roku założono miedzy innymi , że w tych realiach przemian gospodarczych, w których powstawała Fundacja powinno się tworzyć autonomicznie działające jednostki , z których każda, stanowiąc element struktury organizacyjnej Fundacji, charakteryzowałaby się swoją indywidualną specjalizacją aktywizując społeczności lokalne w swoim otoczeniu do podejmowania działań na rzecz poprawy stanu środowiska. Jednostki te winny się zajmować zarówno działalnością statutową, jak i gospodarczą, przy czym przyjęto zasadę, że działalność gospodarcza powinna być ukierunkowana tylko i wyłącznie na świadczenie usług w sferze ochrony środowiska. W efekcie tego rodzaju podejścia w ciągu pierwszych dziesięciu lat działalności Fundacji powstało kilkanaście jednostek, z których część zgodnie z przyjętą taktyką działania została z biegiem czasu usamodzielniona, część z nich połączono ze sobą, część zlikwidowano, natomiast niektóre działają nadal pod kierunkiem Zarządu NFOŚ. Niezależnie od jednostek funkcjonujących jako elementy struktury Fundacji Zarząd w miarę potrzeb tworzył zespoły „ad hoc” do realizacji szczególnie ważnych zadań statutowych. Aktualnie działalność Fundacji koncentruje się w trzech wyspecjalizowanych zakładach wchodzących w skład jej struktury organizacyjnej. Należą do nich:
- Centrum UNEP/GRID-Warszawa NFOŚ
- Biuro Studiów i Ekspertyz Przyrodniczych NFOŚ w Warszawie
- Ekologiczne Biuro Konsultacyjne NFOŚ w Warszawie
Szczegółowe informacje na temat działalności poszczególnych biur Zarządu i wydzielonych zakładów NFOŚ poniżej:
- Biuro Ekspertyz i Studiów Przyrodniczych
- Ekologiczne Biuro Konsultacyjne
- Centrum UNEP/GRID – Warszawa
